دوستی و علاقه شهید مطهری و آیت‌الله‌العظمی خامنه‌ای، میلی دوسویه بود. علامه مطهری جلسات درس و بحث ایشان در مشهد را مؤثر و سودمند می‌دانست و برای همین، وقتی که آگاه شد نیروهای امنیتی طاغوت جلسات مسجد کرامت را به تعطیلی کشانده‌اند، به‌شدت متأسف شد: «خبر تعطیلی فعالیت‌های آقای خامنه‌ای، خیلی‌زود در میان محافل مذهبی و آشنایان او پیچید. آقای مرتضی مطهری که از موضوع با خبر شد «به شدت ناراحت شده و اظهار داشته، همه مراکز حساس را که اثری دارد می‌بندند. انسان متحیر می‌ماند چه کند و چه بگوید. وی گفت: سیدعلی خامنه‌ای از نمونه‌های ارزنده‌ای است که برای آینده موجب امیدواری است و در این مدت کوتاه در مشهد کارهای پرثمری انجام داده که یکی از آنها جمع کردن جوانان روشنفکر و بیدار بوده و به همین جهت وی مورد توجه [امام]خمینی هم واقع‌شده و [امام]خمینی دستور داده که هواخواهان وی [آیت‌الله] خامنه‌ای را حمایت کنند.»
این احساس تأسف زمانی عمیق‌تر شد که خبر دستگیری آیت‌الله خامنه‌ای به گوش علامه رسید: «آقای مطهری چهار روز بعد [از دستگیری] در دانشکده الهیات تهران در جمعی که احتمالاً کم‌شمار یا خصوصی بود با ابراز تأسف از این خبر، جملاتی در توصیف آقای خامنه‌ای گفت. وی پیش از این، چنین تعابیری را پس از تعطیلی حلقه تفسیر قرآن او به زبان آورده بود: «ما کمتر نمونه ارزنده‌ای چون خامنه‌ای داریم و این نیروها هم باید به این گونه هدر و در گوشه‌های زندان تلف گردند. مطهری پس از ستودن خامنه‌ای او را از عوامل مؤثر در روشن کردن افکار اجتماع دانست.»
به نقل از پایگاه حفظ و نشر آثار رهبر معظم انقلاب
